益主菌饭前空腹或者饭后半小时服用效果更佳，与抗生素服用需间隔2小时以上。
为达更佳效果，不适期间应避免甜食，辛辣，主冷，海鲜等刺激性食物。

益主菌不是化学药品，是进入体内有益健康的活菌；和被身体吸收产生作用，与药物不同，不进入肝脏代谢，是粘附在肠壁粘膜上的存在。不是需要的时候才摄取，为了肠道群环境的维持改善，建议持续食用更佳。因此益生菌即使长期使用也不会产生副作用，可以安心使用。

有的人性子急，可能服用一两天不见效果，就说益生菌没用。
益生菌到达肠道后需要跟有害菌争夺生存空间，从而调节并恢复我们的肠道内环境，这个过程需要时间，所以效果并不是部分人想象的立竿见影。一般都要坚持服用三个月左右，体内的有益菌开始占优势。

其实很多研究发现补充益生菌不仅能增加肠道中该种益生菌的数，还可以促进肠内其他益生菌的协同增殖，增加肠道菌群多样性，这与谣言所说的 “肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力”恰恰相反。